Pięcioosobowy model z silnikiem z tyłu i napędem na tylną oś został wprowadzony do produkcji seryjnej w październiku tego samego roku, stając się jedną z najlepszych konstrukcji na rynku w klasie o pojemności jednego litra.

Historia dwudrzwiowej Skody MBX sięga roku 1960, gdy ukończono dwa prototypy o nazwie 990 Tudor. Karoseria z tylnymi słupkami efektownie pochylonymi odwrotnie do kierunku jazdy, płynnie łączącymi panoramiczną tylną szybę z szybami drzwi pozbawionymi ramek, została w całości stworzona w Kvasinach.

Skoda 1000 MBX De Luxe została pokazana publiczności po raz pierwszy podczas Geneva Motor Show 10 marca 1966 roku. Czeski samochód zachwycił odwiedzających targi oryginalnością nadwozia. Dzięki dużemu przeszkleniu dwudrzwiowa karoseria dawała z boku wrażenie braku środkowych słupków. Chowały się one w drzwiach razem z zsuwającymi się bocznymi szybami.

Skoda 1000 MBX była napędzana czterocylindrowym silnikiem benzynowym o pojemności 988 cm3, osiągającym 52 KM przy 5000 obr./min. Z masą 815 kg i ładownością 375 kg samochód osiągał maksymalną prędkość 127 km/h. Zużycie paliwa wynosiło 7,8–8 l/100 km. Model standardowo był wyposażany w dwa gaźniki Jikov, silnik z pojedynczym gaźnikiem został zastosowany tylko w kilkudziesięciu egzemplarzach.
Montaż Skody 1000 MBX, opierający się w dużej mierze o pracę ręczną, rozpoczął się w październiku 1966 roku na oddzielnej linii montażowej fabryki w Mladá Boleslav, tak by nie spowalniać głównej linii. Ostatnie dwanaście egzemplarzy MBX z wszystkich 1403 sztuk wersji z silnikiem o pojemności jednego litra zostało ukończonych w roku 1968.

Do 1969 roku wyprodukowano 1114 sztuk mocniejszej wersji, kończąc karierę dwudrzwiowego modelu MBX na sumie 2517 samochodów obydwu wersji napędowych.
Pomimo stosunkowo małej popularności wobec masowo produkowanego 1000 MB, który powstał w 443 156 egzemplarzach, model MBX odegrał ważną rolę w budowaniu wizerunku marki na wymagających rynkach eksportowych. Dziś to poszukiwany kolekcjonerski klasyk o dużej wartości.
Tradycje dwudrzwiowej Skody MBX kontynuował samochód coupé, model 110 R z lat 1970–1980, po którym nastąpiły znane także w Polsce modele Garde i Rapid.