II generacja Boxstera zadebiutowała w 2004 roku i przetrwała w ofercie marki ze Stuttgartu aż do roku 2012. Tak samo, jak poprzednik samochód otrzymał miękki, materiałowy dach i umieszczony centralnie silnik. Jak przystało na auto sportowe moc przenoszona jest na koła tylnej osi. Chociaż obie generacje są zbliżone stylistycznie, aż 80 procent części typoszeregu 987 zaprojektowano od podstaw. Z poprzednika przejęto jednak wysoki poziom bezawaryjności i świetne właściwości jezdne. W 2006 roku w oparciu o Boxstera zbudowano dwudrzwiowe coupe o nazwie Cayman (typoszereg 987c). W 2009 roku Boxster doczekał się faceliftingu. Oprócz zmian w wyglądzie (nowe zderzaki, światła do jazdy dziennej) w ofercie pojawiły się też większe, zarezerwowane do tej pory dla modelu 911, jednostki napędowe o pojemnościach 2,9 i 3,4 l.